Una delle più antiche corporazioni di Vicenza fu quella dei Boccalotti, artigiani molto apprezzati che producevano ceramiche decorate e vasellame. Agli inizi del Quattrocento la corporazione decise di fondare una confraternita a scopo devozionale e caritatevole ( la fraglia dei Battuti di Santa Maria e dei santi Pietro e Paolo apostoli) proprio accanto al cimitero e all'ospedale del monastero benedettino di San Pietro. La confraternita ebbe come primo benefattore nonché fondatore un certo Zaninus a Bocalibus, Giovanni detto dei Boccalotti, che possedeva la bottega e la fornace nei dintorni. Assegnò alla confraternita un edifico nel quale si potessero riunire i confratelli e dove si potessero accogliere i bisognosi.

La direzione dell'istituzione spettava al priore e ai gastaldi eletti dalla fraglia che, insieme ad alcuni altri confratelli, formavano la cosiddetta banca, cioè l'organo di governo. Potevano essere ammessi senza limiti di tempo dieci poveri vecchi indigenti di buona condizione e anche giovani incapaci di procurarsi da vivere; per due notti potevano essere accolti anche pellegrini forestieri senza elemosina; gli ammalati venivano alloggiati anche per più tempo. L'ammissione dipendeva però sempre dal benestare della banca.

Nel 1414 Zannino, magister della confraternita, fece costruire l'oratorio dove potersi raccogliere in preghiera ed effettuare le periodiche riunioni dei capitoli dell'ospedale. La data di costruzione era impressa vicino alla porta d'ingresso ma durante i lavori di restauro degli anni trenta fu cancellata.

Nella bottega di mastro Zannino fu realizzato il prezioso arco in cotto del portale sormontato da un boccale simbolo della confraternita stessa. Con due testamenti redatti più tardi, lasciò una considerevole somma di denaro per l'erezione di un altare dedicato alla Madonna e ai santi Pietro e Paolo. Morì nel 1419 ed il suo nome rimane scritto sulla base della statua della Madonna con il Bambino del 1415.

È l'unico oratorio di una fraglia quattrocentesca sopravvissuto, quasi integro, a Vicenza.

Nella parte superiore della facciata, entro lo spazio triangolare tra gli spioventi del tetto, restano solo i residui di un affresco che si era conservato fino agli anni trenta del Novecento; vi si rappresentavano i confratelli della fraglia dei Battuti, in cappa bianca aperta sul dorso per la flagellazione e con catenelle alla cintura, inginocchiati ai piedi della Madonna e preceduti da Zanino dei Boccali in veste rossa e con un boccale sotto mano; ne era stato autore, nel 1580, Giuseppe Scolari, un allievo di Giovanni Battista Maganza il Vecchio, abitante poco lontano presso il ponte degli Angeli.

L'interno dell'oratorio, molto semplice, a pianta quadrata, è coperto da un bel soffitto ligneo decorato a cassettoni formati da tavolette, già asportato e ripristinato negli anni trenta del Novecento: reca al centro le insegne di san Pietro e lo stemma della famiglia Negri unitamente alla data 1676, anno oltre che riferibile alla messa in opera del soffitto quale copertura delle capriate del tetto anche indicativo dell'epoca in cui furono dipinti gli affreschi delle pareti, anch'essa ormai scarsamente leggibile.

Importante anche il gruppo scultoreo della Madonna con il Bambino, ridipinta più volte nel tempo e oggi restaurata. L'opera è concordemente attribuita a Nicolò da Venezia e rappresenta una vera e propria primizia vicentina dell'autore.

Nella seconda metà del Settecento, a Vicenza fu promossa la fusione di tutti gli ospedali della città in un Ospedale grande; nel novembre del 1772 il senato veneziano approvò tale fusione e gli ospedali - oltre a quello dei santi Pietro e Paolo, anche quelli di Sant'Antonio, di San Lazzaro, di Sant'Ambrogio, di San Bovo e quelli della Pia Opera di Carità - furono trasferiti negli edifici dell'ex monastero di San Bartolomeo dove l'anno prima era stata soppressa la Congregazione dei Canonici Lateranensi.

Fu definitivamente soppresso nel 1832; i beni e le rendite furono assegnati al Pio Istituto della Casa di ricovero e di industria, fondata da Ottavio Trento.